Im Jahr 1132 bestätigte Kaiser Lothar III. die Schenkungen an das Kloster und nahm weitere Zuweisungen an Grundbesitz vor. Die Weihe der ersten Klosterkirche durch den Erzbischof von Mainz erfolgte 1137 und im gleichen Jahr wurde das Kloster und sein Besitz durch Papst Innozenz II. bestätigt. Der erste Abt des Klosters, Hericius, war nicht nur klug und tatkräftig, er hatte auch das Glück an seiner Seite und so erlebte das Kloster einen unnachahmlichen Aufschwung. Bereits 1132 war das Kloster so vermögend, dass eine erste Tochtergründung, das Kloster Marienpforta (zuerst bei Schmölln/Leipzig , ab 1137 Naumburg) , vorgenommen wurde. Der Zisterzienserorden hatte sich die Kolonisierung des Ostens auf die Fahnen geschrieben. 1141, also neun Jahre später, erfolgte die zweite Tochtergründung, das Kloster Sittichenbach bei Mansfeld. Die beiden Tochterklöster waren gleichfalls im Osten aktiv und gründeten wiederum Töchter: Buch, Grünhain, Lehnin, Paradies, Chorin, Himmelpforta, Dünamünde, Falkenau, Stolpe, Kamenz, Leubus, Alt- und Neuzelle, Heinrichau, Mogila und Grüssau.

Der Schaffensdrang der Mönche war nicht zu bremsen. Sie nahmen sich der versumpften Helmeniederung an, legten sie trocken und machten sie urbar – heute heißt dies Gebiet „Goldene Aue“. Bei dieser Melioration entstanden allerorts Teiche, der Überlieferung nach an die 360. Im Jahr 1157 schenkt Kaiser Friedrich Barbarossa dem Kloster ein Viertel der Erzausbeute vom Rammelsberg Goslar, was zum Anlass genommen wurde, weitere Güter und Ländereien der Region zu erwerben. Weiterhin werden Mühlen, Brauereien, Brennereien, Steinbrüche, Gips- und Glashütten sowie Ziegeleien errichtet. Um für ihre Waren Absatzmärkte zu haben wurde Grundbesitz in Nordhausen, Goslar, Osterwieck und Göttingen erworben und dort Handels-stationen installiert.

Im Jahr 1315 schenkte Kaiser Heinrich VII. dem Kloster Salzgüter in Lüneburg, was zum Anlas genommen wurde dort einen Klosterhof zu errichten. Das Kloster stand zuerst unter weltlicher Schutzherrschaft der Grafen von Clettenberg, nach deren Aussterben 1280 übernahmen die Hohnsteiner Grafen dieses Amt. Durch die Förderung und Gewährung umfangreiche Privilegien der deutschen Kaiser entwickelte sich Walkenried zu einem der reichsten und mächtigsten Klöster Deutschlands. Wichtige kaiserliche Gnadenerlässe waren: Kohle im Harzwald brennen; Zollfreiheit im ganzen Reich; eigene Gerichtsbarkeit und Münzhoheit. Die Äbte des Klosters saßen unter den Reichsständen und hatten fürstlichen Rang. Auch von den Päpsten erhielt das Kloster umfangreiche Rechte eingeräumt. Als Zeichen kirchlicher Würde, war ab 1516 der Rang des Abtes mit dem des Bischofs verbunden. Der ständige Expansionsdrang des Klosters forderte aber auch seinen Tribut. Schon im frühen 13. Jahrhundert traten Spannungen zwischen den Mönchen und den regionalen Standesherren auf. Mitte des 13.Jahrhunderts steht das Kloster in seiner größten Blüte. Die Mönche pflegten zu nehmend einen Lebensstil, der den strengen Ordensregeln widersprach. Sie lebten liederlich und prassten, wogegen der regionale Adel darben muss. Zwischen 1380-90 tritt dieser Konflikt erstmals offen zu Tage, Klostergüter werden geplündert und gebrandschatzt. Der Wideraufbau verschlingt große Summen.

Auch hatte das Kloster bei Geldgeschäften keine glückliche Hand. Große Beträge verliehenen Geldes ließen sich nicht wieder eintreiben (in einem Fall über 20.000 Gulden) und brachten das Koster in große Schwierigkeiten. Was man heute als „Pleite“ bezeichnet, überkam das Kloster 1399, es wurde auf Erlass von Papst Urban VI. zwangsverwaltet. Das Kloster hatte sich dadurch einen schlechten Ruf erworben. Das Resultat war, dass die Anzahl der Mönche und Laienbrüder immer weiter abnahm, was wiederum zu einem Mangel an Arbeitskräften führte. Ein Strudel, aus dem es kein Entrinnen mehr gab. Ende des 15. Jahrhunderts spitzte sich im deutschen Kaiserreich die politische Situation zu, Bundschuh und Reformation erschütterten Reich und Kirche in seinen Grundfesten.

Und der darauf gipfelnde, 1525 in Mitteldeutschland ausbrechende, Bauernkrieg, versetzte dem Kloster Walkenried den Todesstoß. Die Harzer Bauern ließen Wut und Hass freien Lauf, plündern und zerstören das Koster. Für diese Aufständischen ist ihre Zerstörungswut ein Glück, das Ihnen das Leben rettet. Das Schicksal bewahrt sie vor der Teilnahme an der Schlacht von Frankenhausen, die für die Bauern so tragisch endete. Nach dem Ende des Bauernkrieges wurde ein letztes Mal versucht, das Kloster zu retten, vergebens. 1546 veranlassten die Grafen von Hohnstein, Schwarzenburg und Stolberg, im Kloster, endgültig die Einführung der Reformation. Der Kaiser Karl V. forderte zwar die Zurückversetzung in den katholischen Stand, blieb aber ungehört. 1557 wir durch die Hohnsteiner im Kloster eine humanistische Bildungsstätte gegründet. Nach dem Aussterben der Hohnsteiner Grafen fiel die Schirmherrschaft 1593 an die Herzöge von Braunschweig.